Después de la primera parte en la que tratábamos los años 90s del grupo, ahora entramos ya en el siglo XXI. El siglo empezó con trabajos de componentes del grupo y afiliados, Digital Bullet de The RZA, The Bulletproof Wallets de Ghostface Killah, The Yin and The Yang de Cappadonna y Killarmy con su Fear, Love & War. Aunque sin esperar mucho entre álbum y álbum, justo un año después el grupo sacó nuevo trabajo el 18 de diciembre de 2001, esta vez era Iron Flag y nuevamente sin ODB ya que volvía a estar encarcelado con una sentencia de dos años por los actos que hizo cuando se escapó. El disco tuvo mas o menos buena acogida, las críticas no fueron del todo malas, llegando al número 36 de la Billboard y al número 6 de la lista R&B/Hip-Hop. Esta vez volvían a dejar a afiliados al cargo de la producción junto a The RZA e igual que al micrófono donde podemos encontrar al protegido de Method Man Streetlife o 12 O’Clock.

Habrá un parón, hasta después de seis años no volverían a sacar disco pero sus miembros no se quedaron parados, en noviembre del 2002 GZA editó Legend Of The Liquid Sword y en 2003 Raekwon sacó The Lex Diamond Story, The Movement de Inspectah Deck y Cappadonna editó The Struggle. Ol’ Dirty Bastard salió de la cárcel en Abril del 2003 y fichó con Roc-A-Fella, sacó la mixtape Osirus mientras que preparaba A Son Unique (que sería editado en 2005). En 2004 Masta Killa sacó No Said Date, Method Man su Tical 0: The Prequel y The Pretty Toney Album de Ghostface Killah.

El 13 de noviembre de 2004 llega uno de los golpes mas duros para el grupo, Ol’ Dirty Bastard tiene un paró cardíaco causado por una sobredosis a las 17:29 en el estudio 36 Chambers de New York de los Wu. Una hora mas tarde fue declarado muerto, solo dos días antes de su 36 cumpleaños. Su funeral se celebró en el Christian Cultural Center de Brooklyn.

En 2005 no solo sacaran álbumes, The RZA saca el libro The Wu-Tang Manual, el cual trata todos los entresijo del Clan, hablando de su formación, del logo, de su jerga y con biografías de cada miembro. Este año también volvieron a sacar referencias miembros del Clan, U-God sacó su segundo trabajo Mr. Xcitement y GZA edito GrandMasters junto a DJ Muggs de Cypress Hill.

El 2006 fue buen año para los miembros, sacando grandes referencias como sería el 4:21… the Day After de Method Man o el Fishcale y su posterior More Fish de Ghostface Killah. Masta Killah sacó su segunda referencia en solitario Made in Brooklyn e Inspectah Deck sacó su mixtape The Resident Patient.

En 2007 Ghostface Killah sacó su séptimo trabajo The Big Doe Rehab el 4 de diciembre que chocaba con la fecha del nuevo disco de los Wu-Tang Clan que finalmente saldría el 11 de diciembre ya que The RZA decidió retrasar la salida del disco una semana, el disco del Clan se llamó 8 Diagrams en honor a la película Eight-Diagram Pole Fighter. El álbum recibió recibió críticas tanto buenas como malas, aunque las primeras se imponían. Esta vez en casi su totalidad se encargaba de la producción The RZA mientras que al micrófono a parte de sus miembros (incluido ODB que metieron un tema que tenían grabado) no encontramos casi afiliados pero si grandes artistas como Erykah Badu, George Clinton o Gerald Alston.

Después de su último trabajo actualmente no se ve que a la corta vaya a salir ninguna referencia del grupo aunque en 2009 sacaron Chamber Music pero realmente no era un disco de grupo sino canciones de los miembros con colaboraciones de otros artistas. Pero aun así sus miembros no se han quedado con los brazos cruzados y han seguido sacando referencias, en 2008 hemos podido disfrutar de los trabajos de Cappadonna The Cappatilize Project, GZA Protools y The RZA Digi Snacks,  y en el 2009 vimos las referencias Slang Prostitution de Cappadonna, Blackout! 2 de Method Man junto a Redman, Dopium de U-God, el magnifico Ghostdini: Wizard of Poetry in Emerald City de Ghostface Killah y el Only Built 4 Cuban Linx… Pt.II de Raekwon. Ya, este año, hemos podido encontrar algunas referencias de miembros del clan como el disco Wu-Massacre de Method Man, Raekwon y Ghostface Killah y el Manifesto de Inspectah Deck, además se esperan los trabajos de Method Man The Crystal Meth, Masta Killa Loyalty Is Royalty y los aun sin título de GZA y Raekwon.

El tema C.R.E.A.M. (Cash Rules Everything Around Me) es el segundo single del álbum Enter the Wu-Tang (36 Chambers), el termino “Cream” se ha quedado como jerga callejera (slang) para referirse al dinero. El tema está producido por The RZA y sampleaba el tema As Long As I’ve Got You de Charmels. El tema llegó al número 60 de la Billboard y según votación consiguió el número 20 en el Top 100 Rap Songs de About.com. El vídeo se emitió en enero de 2004 y estaba dirigido por Ralph McDaniels.